Bakteri Penyebab Penyakit Gastroenteritis - Virus (terutama rotavirus) dan spesies bakteri Escherichia coli dan Campylobacter adalah penyebab utama gastroenteritis. Akan tetapi, banyak agen infeksi lain yang dapat menyebabkan sindrom ini. Penyebab non-infeksi kadangkala terlihat, tetapi lebih jarang daripada etiologi virus atau bakteri. Risiko infeksi lebih tinggi pada anak-anak karena kurangnya kekebalan mereka dan kebersihan yang relatif buruk

Di negara maju Campylobacter jejuni menjadi penyebab utama gastroenteritis bakteri, dimana separuh dari kasus ini terkait dengan pajanan terhadap unggas. Pada anak-anak, bakteri merupakan penyebab dari sekira 15% kasus, dengan jenis yang paling umum meliputi spesies Escherichia coli, Salmonella,Shigella, dan Campylobacter. Bila makanan terkontaminasi dengan bakteri dan berada pada suhu ruangan selama beberapa jam, bakteri berkembang biak dan meningkatkan risiko infeksi pada orang-orang yang mengonsumsi makanan tersebut.Beberapa makanan yang umum dikaitkan dengan penyakit ini yakni daging mentah atau daging yang kurang matang, ayam, makanan laut, dan telur; kecambah mentah; susu yang belum dipasteurisasi dan keju lunak; serta jus jeruk dan sayuran. Di negara berkembang, khususnya Afrika subwilayah Sahara dan Asia, kolera adalah penyebab umum gastroenteritis. Infeksi ini biasanya ditularkan melalui air atau makanan yang terkontaminasi. 
Clostridium difficile toksigenik adalah penyebab utama diare yang lebih sering terjadi pada manusia berusia lanjut. Bayi dapat menjadi pembawa bakteri ini namun tidak berlanjut ke arah munculnya gejala. Ini adalah penyebab diare yang umum pada mereka yang dirawat inap dan sering dikaitkan dengan penggunaan antibiotik. Diare infeksi Staphylococcus aureus juga mungkin terjadi pada mereka yang menggunakan antibiotik. "Traveler’s diarrhea" biasanya merupakan jenis gastroenteritis bakteri. Obat penekan asam tampaknya meningkatkan risiko infeksi secara signifikan setelah terpajan sejumlah organisme, termasuk spesies Clostridium difficile, Salmonella, dan Campylobacter. Risiko ini lebih tinggi bagi mereka yang menggunakan penghambat pompa proton dibandingkan dengan mereka yang menggunakan antagonis H2