Pencegahan Penyakit Gastroenteritis 
Gaya hidup
Pasokan air yang tidak terkontaminasi dan mudah didapat serta penerapan sanitasi yang baik menjadi hal penting untuk mengurangi tingkat infeksi dan gastroenteritis yang berarti dari segi klinis. Langkah-langkah pribadi (seperti mencuci tangan) diketahui dapat mengurangi tingkat insidensi dan prevalensi gastroenteritis baik di negara berkembang maupun di negara maju hingga sebesar 30%. Gel berbahan dasar alkohol mungkin juga efektif. Menyusui itu penting, terutama di tempat-tempat dengan kebersihan yang buruk, begitu juga dengan meningkatkan kebersihan secara umum.ASI mengurangi frekuensi dan durasi infeksi.Menghindari makanan atau minuman yang terkontaminasi juga efektif.
Vaksinasi
Karena efektivitas dan keamanannya, pada tahun 2009 World Health Organization merekomendasikan agar vaksin rotavirus diberikan kepada semua anak di seluruh dunia. Dua vaksin rotavirus sudah tersedia untuk dapat dibeli dan beberapa lainnya sedang dikembangkan. Di Afrika dan Asia vaksin ini mengurangi penyakit akut pada bayi dan negara-negara yang telah mengadakan program imunisasi nasional telah melihat adanya penurunan jumlah dan tingkat keparahan penyakit ini. Vaksin ini juga dapat mencegah menyebarnya penyakit ini pada anak yang tidak divaksin dengan cara mengurangi jumlah infeksi yang beredar. Sejak tahun 2000, penerapan program vaksin rotavirus di Amerika Serikat telah mengurangi jumlah kasus diare hingga 80 persen. Dosis vaksin pertama harus diberikan kepada bayi berusia antara 6 sampai 15 minggu. Vaksin kolera oral diketahui dapat bekerja secara efektif hingga 50–60% selama lebih dari 2 tahun.